중소기업 매각(M&A) 시장은 정부 정책, 세제 구조(양도소득세·가업승계 공제), 자본시장 환경에 직접적으로 영향을 받는다.
최근 정부는 가업승계 지원 확대, 중소기업 M&A 활성화 지원, 사모투자·벤처투자 규제 완화 등을 추진하며 시장 유동성을 강화하는 방향으로 움직이고 있다.
또한 인구구조 변화와 고령화, 전문경영인 부족 등 산업 환경 변화로 인해 중소기업 매각 수요가 꾸준히 증가하며, 성장 정체 기업의 전략적 매각·투자유치 또한 증가하고 있다.
본 글은 2025년 11월 기준 정부정책·세제혜택·중소기업 매각 트렌드를 종합적으로 정리한다.
1. 정부 정책 동향 (Government Policies for SME M&A)
(1) 중소기업 M&A 활성화 정책
정부는 구조조정·사업재편·창업-퇴장 선순환을 위해 중소기업 M&A를 촉진하는 정책을 강화하고 있다.
대표 정책:
사업재편 승인제도
→ 업종전환·인수합병 시 규제완화·세제혜택 제공M&A 매칭 플랫폼 활성화
→ 중소벤처기업부·민간 플랫폼과의 연계중소기업 전용 M&A 금융지원 프로그램
→ 정책금융기관(산은·기은)의 인수금융 공급 확대
→ 2023년부터 한국의 법인세율 인하 및 설비·R&D 투자에 대한 세액공제 강화로, 인수기업이 ‘저비용으로 성장기반 확보’할 수 있는 환경이 조성되었습니다.
(2) 가업승계 관련 규제 완화
가업상속공제 요건 완화
사전·사후관리 요건 개선 추진
승계 기업에서의 고용유지 요건 조정 논의
목적:
가업승계 부담을 줄여 가족기업 매각/승계 시장의 안정성 확보
(3) 사모투자(PEF)·벤처투자 규제 개선
중소기업 투자 시 세액공제 확대
기술기업·신산업 기업의 구조조정 과정에 M&A 참여 장려
사모펀드 운용규제 개편(2023~2024)
벤처투자를 활성화하기 위해 중소벤처기업부 주도로 시행령 개정이 승인되었으며 벤처투자 운용 및 투자자 책임에 대한 규제가 완화(2025.07)
스타트업 기획자 및 투자조합이 일반파트너(GP)로 활동할 수 있는 범위가 확대
PE펀드에 대해서는 공시·레버리지 제한 등 규제 강화 움직임도 동시에 존재
(4) 세제 및 외국인투자 인센티브
2025년 경제정책방향을 통해 외국인직접투자(FDI)를 촉진하기 위한 세제·지원 패키지를 발표
설비·자본재 수입 투자에 대해 관세·개별소비세·부가가치세 면제 기간을 6년 → 7년으로 연장
외국인투자기업이 비수도권 기회개발지역(“opportunity development zone”)에 투자할 경우, 세제·금융·주거조건 등을 포함한 패키지 지원을 강화
외국기업이 국내에 지역본부(‘Headquarters’)를 설립할 경우, 투자금액의 최대 75%까지 현금보조금(Cash Grant) 형태로 지원
2. 세제혜택·세제 동향 (Tax Incentives & Regulations)
(1) 가업상속공제 (Business Succession Deduction)
피상속인이 생전에 10년 이상 영위한 중소기업 등을 상속인이 정상적으로 승계한 경우, 상속세 및 증여세 과세특례 제도인 ‘가업상속공제’가 적용.
핵심 구조:
공제금액은 가업상속재산의 100%
공제한도:
피상속인이 10년 이상 경영 → 최대 300 억 원 공제
피상속인이 20년 이상 경영 → 최대 400 억 원 공제
피상속인이 30년 이상 경영 → 최대 600 억 원 공제
사전·사후관리 완화 논의
승계 시 양도·상속 부담 완화 → 매각시장 활성화와 직결
(2) 창업·벤처 기업 세제감면(정부 관계자 발표/예정)
투자 시 출자액에 대한 소득공제
민간 벤처모펀드를 통한 출자 시 출자금액의 5% + 증가분의 5%로 소득공제율이 상향
벤처기업 인수 시 양도소득세 감면 및 세액공제 조건 존재
벤처투자조합의 투자목적회사(SPC)를 통한 벤처기업 주식 취득 시에 양도차익 비과세, 증권거래세 면제 등의 혜택 신설
벤처기업, 벤처투자조합 등에 대한 출자·투자에 대해 ‘3년 연장’ 혜택이 적용
(3) 주식 양도소득세 체계 변화
대주주 요건 기준(지분율/금액) 변화 논의
사적 기업 매각 시 비상장주식 양도세율 관련 제도 개선 중
(4) 사업양수도 관련 세제
영업권(고무가치)의 세무 처리 기준 명확화
PPA 적용 시 공정가치(Fair Value)기반 평가 확대
관련 용어: 가업상속공제, 양도소득세(Capital Gains Tax), PPA(Purchase Price Allocation)
3. 중소기업 매각시장 동향 (SME M&A Market Trends)
(1) 베이비붐 세대 퇴장 → 매각 수요 증가
고령화로 인해 제조·서비스·유통업 등 전통 업종에서의 경영권 매각(Owner Exit) 수요 급증
인수자는 PEF·중견기업·전략적 투자자(SI)가 중심
(2) 업종별 트렌드 변화
① 제조업
후계자 부재 → 지분 매각 선호
자동화·전기차 전환 따라 기술기업 수요 강세
기술보증기금이 '기술혁신형 M&A'를 지원하기 위해 민관협력 M&A 플랫폼을 운영하며, 이 플랫폼을 통해 중소·벤처기업의 인수합병(M&A)을 중개하고 있다. 최근에는 이 플랫폼을 통해 안국약품과 디메디코리아의 기술혁신형 M&A 계약이 성사되었다.
② IT·플랫폼
SI·PEF의 Acqui-hiring(인수를 통한 인재 영입) 딜 증가
SaaS·구독 모델 기업의 매각 다수
③ 소비재/브랜드
F&B·헬스케어·패션 브랜드의 소규모 Buyout 증가
디지털 전환 가능한 브랜드의 거래가 활발
(3) 밸류에이션 환경 변화
고금리 환경 → 기업가치(EV/EBITDA) 하락 압력
반면 기술·뷰티·헬스케어 등의 업종은 프리미엄 유지
스몰딜(100억 이하) 거래는 경쟁력 유지
(4) 정책금융 기반 인수금융 증가
중소기업 인수 시 산은·기은에서 저리 인수금융 라인 확대 중
→ 전략적 매각 및 구조조정 딜 가속
관련 용어: Acqui-hiring(인수를 통한 인재 영입), EV/EBITDA, 인수금융(Acquisition Financing)
4. 시장 변화에 따른 실무적 의미 (Practical Implications)
(1) 매각 타이밍의 중요성 증가
금리·정책·규제 변화 속도 증가
세제개편 일정 고려한 매각 타이밍 전략 필요
(2) 후계자 부재 리스크 증가 → 승계·매각 동시 검토
많은 중소 제조업이
“승계 실패 → 매각 또는 구조조정”으로 전환 중
(3) 정부지원 활용 필요성 증가
사업재편 승인
정책금융 인수금융
세제 혜택(승계·양도세)
→ 거래구조(Deal Structure)를 설계할 때 필수 검토 요소
(4) 실사(DD) 항목 확장
세무 실사
ESG·안전·규제 실사
정부지원/보조금 리스크 분석
5. 핵심 정리 (Key Takeaways)
정부는 중소기업 M&A 활성화·가업승계 부담 완화 정책을 강화하고 있다.
세제 구조(양도세·상속세·공제제도)는 매각시장 유동성에 핵심적 영향을 준다.
베이비붐 세대 은퇴·후계자 부재·기술 전환으로 중소기업 매각 수요는 지속 증가 중이다.
정책금융 기반 인수금융이 확대되면서 중소기업 매각의 실행 가능성이 높아지고 있다.
시장환경 변화에 따라 “매각 타이밍·세제 전략·승계전략·정책 활용도”가 딜 성공의 핵심 요소이다.
관련 용어: 가업승계(Business Succession), 양도소득세(CGT), 인수금융(Acquisition Financing), 사업재편(Restructuring)
참고자료 (References)
PwC — 국내 중견·중소기업 M&A 시장 내 사모펀드의 역할
https://www.pwc.com/kr/ko/insights/issue-brief/recovery-domestic-mna-market.htmlPwC — 글로벌 M&A 산업별 트렌드 - 2023년 중간 결산
https://www.pwc.com/kr/ko/insights/samil-insight/deals_trends2023_mid-year.html금융위원회 — [보도자료] ｢기업 M&A 지원방안｣ 발표
https://www.fsc.go.kr/no010101/79932?srchCtgry=&curPage=&srchKey=&srchText=&srchBeginDt=&srchEndDt=중소벤처기업부 — 벤처투자 및 인수합병(M&A) 활성화를 위한 규제 완화
https://mss.go.kr/site/smba/ex/bbs/View.do?cbIdx=86&bcIdx=1056916
