중소기업 매각(M&A) 시장은 정부 정책, 세제 구조(양도소득세·가업승계 공제), 자본시장 환경에 직접적으로 영향을 받는다.
최근 정부는 가업승계 지원 확대, 중소기업 M&A 활성화 지원, 사모투자·벤처투자 규제 완화 등을 추진하며 시장 유동성을 강화하는 방향으로 움직이고 있다.
또한 인구구조 변화와 고령화, 전문경영인 부족 등 산업 환경 변화로 인해 중소기업 매각 수요가 꾸준히 증가하며, 성장 정체 기업의 전략적 매각·투자유치 또한 증가하고 있다.
본 글은 2025년 11월 기준 정부정책·세제혜택·중소기업 매각 트렌드를 종합적으로 정리한다.
1. 정부 정책 동향 (Government Policies for SME M&A)
(1) 중소기업 M&A 활성화 정책
정부는 구조조정·사업재편·창업-퇴장 선순환을 위해 중소기업 M&A를 촉진하는 정책을 강화하고 있다.
대표 정책:
- 사업재편 승인제도
→ 업종전환·인수합병 시 규제완화·세제혜택 제공 - M&A 매칭 플랫폼 활성화
→ 중소벤처기업부·민간 플랫폼과의 연계 - 중소기업 전용 M&A 금융지원 프로그램
→ 정책금융기관(산은·기은)의 인수금융 공급 확대
→ 2023년부터 한국의 법인세율 인하 및 설비·R&D 투자에 대한 세액공제 강화로, 인수기업이 ‘저비용으로 성장기반 확보’할 수 있는 환경이 조성되었습니다.
(2) 가업승계 관련 규제 완화
- 가업상속공제 요건 완화
- 사전·사후관리 요건 개선 추진
- 승계 기업에서의 고용유지 요건 조정 논의
목적:
가업승계 부담을 줄여 가족기업 매각/승계 시장의 안정성 확보
가업승계 부담을 줄여 가족기업 매각/승계 시장의 안정성 확보
(3) 사모투자(PEF)·벤처투자 규제 개선
- 중소기업 투자 시 세액공제 확대
- 기술기업·신산업 기업의 구조조정 과정에 M&A 참여 장려
- 사모펀드 운용규제 개편(2023~2024)
- 벤처투자를 활성화하기 위해 중소벤처기업부 주도로 시행령 개정이 승인되었으며 벤처투자 운용 및 투자자 책임에 대한 규제가 완화(2025.07)
- 스타트업 기획자 및 투자조합이 일반파트너(GP)로 활동할 수 있는 범위가 확대
- PE펀드에 대해서는 공시·레버리지 제한 등 규제 강화 움직임도 동시에 존재
(4) 세제 및 외국인투자 인센티브
- 2025년 경제정책방향을 통해 외국인직접투자(FDI)를 촉진하기 위한 세제·지원 패키지를 발표
- 설비·자본재 수입 투자에 대해 관세·개별소비세·부가가치세 면제 기간을 6년 → 7년으로 연장
- 외국인투자기업이 비수도권 기회개발지역(“opportunity development zone”)에 투자할 경우, 세제·금융·주거조건 등을 포함한 패키지 지원을 강화
- 외국기업이 국내에 지역본부(‘Headquarters’)를 설립할 경우, 투자금액의 최대 75%까지 현금보조금(Cash Grant) 형태로 지원
2. 세제혜택·세제 동향 (Tax Incentives & Regulations)
(1) 가업상속공제 (Business Succession Deduction)
피상속인이 생전에 10년 이상 영위한 중소기업 등을 상속인이 정상적으로 승계한 경우, 상속세 및 증여세 과세특례 제도인 ‘가업상속공제’가 적용.
핵심 구조:
- 공제금액은 가업상속재산의 100%
- 공제한도:
- 피상속인이 10년 이상 경영 → 최대 300 억 원 공제
- 피상속인이 20년 이상 경영 → 최대 400 억 원 공제
- 피상속인이 30년 이상 경영 → 최대 600 억 원 공제
- 사전·사후관리 완화 논의
- 승계 시 양도·상속 부담 완화 → 매각시장 활성화와 직결
(2) 창업·벤처 기업 세제감면(정부 관계자 발표/예정)
- 투자 시 출자액에 대한 소득공제
- 민간 벤처모펀드를 통한 출자 시 출자금액의 5% + 증가분의 5%로 소득공제율이 상향
- 벤처기업 인수 시 양도소득세 감면 및 세액공제 조건 존재
- 벤처투자조합의 투자목적회사(SPC)를 통한 벤처기업 주식 취득 시에 양도차익 비과세, 증권거래세 면제 등의 혜택 신설
- 벤처기업, 벤처투자조합 등에 대한 출자·투자에 대해 ‘3년 연장’ 혜택이 적용
(3) 주식 양도소득세 체계 변화
- 대주주 요건 기준(지분율/금액) 변화 논의
- 사적 기업 매각 시 비상장주식 양도세율 관련 제도 개선 중
(4) 사업양수도 관련 세제
- 영업권(고무가치)의 세무 처리 기준 명확화
- PPA 적용 시 공정가치(Fair Value)기반 평가 확대
관련 용어: 가업상속공제, 양도소득세(Capital Gains Tax), PPA(Purchase Price Allocation)
3. 중소기업 매각시장 동향 (SME M&A Market Trends)
(1) 베이비붐 세대 퇴장 → 매각 수요 증가
- 고령화로 인해 제조·서비스·유통업 등 전통 업종에서의 경영권 매각(Owner Exit) 수요 급증
- 인수자는 PEF·중견기업·전략적 투자자(SI)가 중심
(2) 업종별 트렌드 변화
① 제조업
- 후계자 부재 → 지분 매각 선호
- 자동화·전기차 전환 따라 기술기업 수요 강세
기술보증기금이 '기술혁신형 M&A'를 지원하기 위해 민관협력 M&A 플랫폼을 운영하며, 이 플랫폼을 통해 중소·벤처기업의 인수합병(M&A)을 중개하고 있다. 최근에는 이 플랫폼을 통해 안국약품과 디메디코리아의 기술혁신형 M&A 계약이 성사되었다.
② IT·플랫폼
- SI·PEF의 Acqui-hiring(인수를 통한 인재 영입) 딜 증가
- SaaS·구독 모델 기업의 매각 다수
③ 소비재/브랜드
- F&B·헬스케어·패션 브랜드의 소규모 Buyout 증가
- 디지털 전환 가능한 브랜드의 거래가 활발
(3) 밸류에이션 환경 변화
- 고금리 환경 → 기업가치(EV/EBITDA) 하락 압력
- 반면 기술·뷰티·헬스케어 등의 업종은 프리미엄 유지
- 스몰딜(100억 이하) 거래는 경쟁력 유지
(4) 정책금융 기반 인수금융 증가
- 중소기업 인수 시 산은·기은에서 저리 인수금융 라인 확대 중
→ 전략적 매각 및 구조조정 딜 가속
관련 용어: Acqui-hiring(인수를 통한 인재 영입), EV/EBITDA, 인수금융(Acquisition Financing)
4. 시장 변화에 따른 실무적 의미 (Practical Implications)
(1) 매각 타이밍의 중요성 증가
- 금리·정책·규제 변화 속도 증가
- 세제개편 일정 고려한 매각 타이밍 전략 필요
(2) 후계자 부재 리스크 증가 → 승계·매각 동시 검토
- 많은 중소 제조업이
“승계 실패 → 매각 또는 구조조정”으로 전환 중
(3) 정부지원 활용 필요성 증가
- 사업재편 승인
- 정책금융 인수금융
- 세제 혜택(승계·양도세)
→ 거래구조(Deal Structure)를 설계할 때 필수 검토 요소
(4) 실사(DD) 항목 확장
- 세무 실사
- ESG·안전·규제 실사
- 정부지원/보조금 리스크 분석
5. 핵심 정리 (Key Takeaways)
- 정부는 중소기업 M&A 활성화·가업승계 부담 완화 정책을 강화하고 있다.
- 세제 구조(양도세·상속세·공제제도)는 매각시장 유동성에 핵심적 영향을 준다.
- 베이비붐 세대 은퇴·후계자 부재·기술 전환으로 중소기업 매각 수요는 지속 증가 중이다.
- 정책금융 기반 인수금융이 확대되면서 중소기업 매각의 실행 가능성이 높아지고 있다.
- 시장환경 변화에 따라 “매각 타이밍·세제 전략·승계전략·정책 활용도”가 딜 성공의 핵심 요소이다.
관련 용어: 가업승계(Business Succession), 양도소득세(CGT), 인수금융(Acquisition Financing), 사업재편(Restructuring)
참고자료 (References)
- PwC — 국내 중견·중소기업 M&A 시장 내 사모펀드의 역할
https://www.pwc.com/kr/ko/insights/issue-brief/recovery-domestic-mna-market.html - PwC — 글로벌 M&A 산업별 트렌드 - 2023년 중간 결산
https://www.pwc.com/kr/ko/insights/samil-insight/deals_trends2023_mid-year.html - 금융위원회 — [보도자료] ｢기업 M&A 지원방안｣ 발표
https://www.fsc.go.kr/no010101/79932?srchCtgry=&curPage=&srchKey=&srchText=&srchBeginDt=&srchEndDt= - 중소벤처기업부 — 벤처투자 및 인수합병(M&A) 활성화를 위한 규제 완화
https://mss.go.kr/site/smba/ex/bbs/View.do?cbIdx=86&bcIdx=1056916
관련 글 (Related articles)
기업 매각 (Company Sale)
가업승계 (Business Succession)
인수금융 (Acquisition Financing)
중소기업 밸류에이션 (SME Valuation)
실사 (Due Diligence)
쿠키딜은 어떤 플랫폼인가요?
쿠키딜은 대한민국 중소기업(SME)의 매각, 투자 유치, 및 M&A를 지원하는 프라이빗 딜 네트워크입니다. 매도자, 매수자, M&A 관계자를 연결하여 거래의 효율성과 성공 가능성을 높이는 혁신적인 플랫폼을 제공합니다.